Да, вы можете при соблюдении определенных условий!
Используя ssh, вы можете туннелировать отображение приложений X-Window, что означает, что вы можете запустить приложение (X-Client) на одном компьютере и отображать его на другом (X-Server).
Вам потребуется запустить ssh с опцией -X (или -Y, но предпочтительно -X), чтобы разрешить туннелирование, а затем запустить NetBeans из командной строки, как обычно:
netbeans MyFile.java