Что ж, мое решение состояло бы в том, чтобы сделать это не в стиле плагина, а в том, что мне нравится воспринимать как стиль «пользовательского обновления» с интеграцией базы данных. Чтобы сделать это, сделайте конкретное обновление для компании, сделав установщик .msi или что-то подобное для «новой» (или старой) версии программы для них. Это может сделать что угодно, от установки исходной чистой версии программы или установки другой версии с изменениями кода, сделанными специально для них. Для проектов было бы лучше хранить эти изменения в отдельных папках, как в репозитории SVN или CVS.
Теперь возьмите это с крошкой соли, так как это может быть много работы, в зависимости от того, сколько «обновлений» вы планируете делать. Конечно, это может быть то, что вы ищете, потому что, получив обновление, вам не нужно перепрограммировать его, чтобы распространить его в другой компании. Вы просто разветвляете его и вносите необходимые изменения в уже существующий код.