Вы не можете установить cookie для HTTP и HTTPS одновременно. Вам нужно установить два отдельных куки, один для HTTP и один для HTTPS:
setcookie("login", base64_encode($email."::".md5($password)), 2840184012, "/", ".example.com");
setcookie("login", base64_encode($email."::".md5($password)), 2840184012, "/", ".example.com", true);
Это работает, только если вы установили куки в https://secure.example.com, так как вы можете устанавливать безопасные куки только через HTTPS.
Да, и кстати: не сохраняйте аутентификационную информацию в куки! Вместо этого используйте один раз действующий токен аутентификации.