Используйте функцию gtk_widget_translate_coordinates()
для отображения координат вашего дочернего виджета на координаты верхнего уровня, содержащего виджет.Это может выглядеть примерно так:
GtkWidget *somewidget;
gint wx, wy;
gtk_widget_translate_coordinates(somewidget, gtk_widget_get_toplevel(somewidget), 0, 0, &wx, &wy);
Обратите внимание, что во многих случаях форсирование положения нового окна является ошибкой, если только оно не действует как всплывающее меню.