Это случается со мной, вот что я думаю:
Независимо от того, какой процесс генерирует R.java, начинается с ваших ресурсов и работает с низу.Если он где-то обнаруживает ошибку, он просто останавливается ... оставляя все ресурсы, которые не были добавлены в R.java.Вот почему некоторые из них скажут «неразрешенный», а другие будут в порядке.
Кажется, что каждый раз, когда вы сохраняете файл в своем проекте, он восстанавливает R.java (возможно, это просто файлы в/), так что вы, вероятно, исправили все, что сломал генератор, и когда вы сохранили AndroidManifest.xml, он восстановил R.java.