Сохранение и доступ ко многим полигонам ROI (IDL, ImageJ, Java ?, XML?) - PullRequest
0 голосов
/ 06 марта 2010

Мне нужно сохранить и повторно загрузить тысячи полигонов ROI в стопку изображений, фактически фильм с 30 кадрами в секунду, в течение 30 с лишним минут, то есть не менее 54 000 кадров. На одном изображении (кадре) в стеке может быть несколько областей интереса, а размер и количество вершин для каждого поля отличаются. Полигоны ROI отслеживают края фигур по мере их изменения.

Стек фильмов обычно слишком велик для одновременного хранения в памяти. Я постобрабатываю его, перетаскивая его кадр за кадром, чтобы отследить мои фигуры. Я могу сохранять объекты ROI в двоичные файлы по одному кадру за раз, но при этом создается более 54 000 файлов, которые можно хранить вместе. В качестве альтернативы, если я попытаюсь выделить объект контейнера для хранения всех более 54 000 фреймов ROI, а затем сохранить его в одном файле, у меня быстро закончатся ресурсы.

Я хотел бы сохранить все области интереса в один файл, к которому я могу произвольно обращаться и изменять. Если мне нужен третий полигон ROI в кадре 100, я хочу иметь возможность загрузить его немедленно. Я также хочу иметь возможность вставлять и удалять области интереса в сохраненном файле.

Какой лучший формат файла для этого? Есть ли принятый формат или приложение? ImageJ имеет собственный формат ROI, но я мало что знаю об этом. Мое приложение запрограммировано в IDL прямо сейчас. У IDL есть свой собственный класс ROI, но, как я уже сказал, я бы не стал записывать их все в отдельные файлы, и у меня нет ресурсов, чтобы объединить их все в один файл. XML? Спасибо.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 08 марта 2010

Некоторое время назад я должен был сделать нечто очень похожее (полигоны, IDL, быстрый доступ).Мое решение состояло в том, чтобы взять все мои ROI и поместить их в один файл, а затем получить второй файл, содержащий смещение, с которого начинался каждый полигон.

В основном файл № 1 будет содержать список всех вершин каждой области интереса, а файл № 2 содержит список целых чисел, в которых указано смещение в байтах, с которого начинается этот полигон, т. Е. Целое число i в файле № 2это было место в файле # 1, где находился polygon_i.

Я использовал это для быстрого доступа к почти 5 миллионам полигонов с примерно 4 миллиардами вершин.

0 голосов
/ 06 марта 2010

Формат ImageJ ROI задокументирован здесь .Я хотел бы рассмотреть возможность использования реляционной базы данных для хранения и произвольного доступа. База данных H2 моя любимая, но есть множество альтернатив .

...