VP6 и Sorenson лучше всего работают с размерами видеокадров, кратными 16, которые вы указали. Для получения оптимальных результатов вы должны использовать число, кратное 16. Например, что-то ближе к вашему диапазону может быть 384 x 288 или 448 x 336.
Честно говоря, я никогда не видел много проблем, вызванных использованием не-16 кратных для FLV. И чем больше размер видео, тем лучше качество (хотя и за счет увеличения пропускной способности, поскольку видео будет большего размера).
Итак, я бы выбрал размер, кратный 16, если вы можете, но не теряйте сон из-за этого. И я бы пошел с большим размером видео по сравнению с меньшим, просто чтобы оно было кратным 16. Однако я бы нацелился на эту 16х сладкую зону.
Также рассмотрите возможность перехода на MP4 с контентом H.264. Flash 9+ может играть в нее (очень, очень, очень большой процент доли рынка Flash). Кроме того, вы получите намного лучшее сжатие, чем VP6.