Это (вероятно) не связано с вашей конкретной ошибкой, но в целом репликация слиянием между SqlCE и SQL Server ненадежна в ситуациях, когда сетевое соединение часто теряется (например, по беспроводной или хуже, по сотовым телефонным сетям) и может привести к не только потерянные данные, но и причудливо поврежденные данные на сервере. Эта проблема (насколько мне известно) не была исправлена в SqlCE 3.5.
MS, конечно, не афиширует это, хотя после долгой борьбы за диагностику проблемы, их техническая поддержка, наконец, признала проблему и сказала, что базы данных реплики SqlCE гарантированно объединятся в конечном итоге (т.е. чтобы синхронизировать достаточное количество раз, в конечном итоге будет работать правильно).