EclipseLink реализует JPA - вы можете запускать запросы SQL через EntityManager. Если вы начнете выполнять запросы SQL, не связанные с моделью вашего приложения, у вас не будет преимуществ перед JDBC - напротив, вы будете использовать гораздо более тяжелую инфраструктуру. Однако если вы связываете SQL с моделью , у вас будет преимущество в дополнительной оптимизации запросов, использующих полный потенциал БД. Я не уверен, что это то, что вы хотите сделать, однако ...