Та же проблема для меня с Доктриной 1.2.Этот не сработал:
$this->hasColumn('id', 'int', null, array(
'primary' => true,
'autoincrement' => true
));
А этот сработал:
$this->hasColumn('id', 'integer', 4, array(
'type' => 'integer',
'length' => 4,
'unsigned' => true,
'primary' => true,
'autoincrement' => true,
));
Не уверен, почему разница, но надеюсь, что это поможет.