Поскольку Firefox заставляет создателей всплывающих окон проявлять творческий подход с помощью вызовов JavaScript, остается одно и то же: для открытия всплывающего окна необходимо вызвать window.open. Если вам удастся заменить этот метод оболочкой, вы сможете это сделать.
Что касается изменения структуры DOM на каждой открываемой странице или нескольких, я бы посмотрел на плагин Greasemonkey . Вы можете написать свой собственный пользовательский скрипт (это просто простой JavaScript, который выполняется после загрузки страницы).