Нет общего правила. Используйте groupId, чтобы отделить (или нет) вещи, которые имеют разные проблемы, но крупнозернистый . XWiki является хорошей иллюстрацией этого подхода. Hibernate является еще одним примером, они используют один и тот же groupId для всех своих модулей.
Но ничто заставляет вас использовать уникальный groupId для каждого модуля, мне это явно кажется слишком мелкозернистым (звучит как создание пакета для каждого класса).
В корпоративной среде использование чего-то вроде a.b.appname, а затем a.b.appname.moduleN, если приложение большого размера и имеет много модулей, является распространенным шаблоном.