Вы можете написать служебный проект, который импортирует модель данных приложения и использовать одноразовый код в этом проекте для заполнения БД базовых данных. После заполнения БД просто скопируйте фактический файл в папку ресурсов проекта приложения, а затем при настройке постоянного хранилища используйте NSBundle, чтобы вернуть путь к файлу БД во встроенном приложении.
И все готово.