у вас, вероятно, есть альфа-канал в png, от которого вам нужно избавиться, прежде чем пытаться написать jpg.
Создайте новый BufferedImage с типом TYPE_INT_RGB (не TYPE_INT_ARGB), а затем запишите исходное изображение (pngImage) на новое пустое изображение.
Примерно так (предупреждение, не проверенный код):
BufferedImage newImage = new BufferedImage( pngImage.getWidth(), pngImage.getHeight(), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
newImage.createGraphics().drawImage( pngImage, 0, 0, Color.BLACK, null);