каковы ваши критерии принятия решения «лучше»? спектакль? масштабируемость? надежность? Стоимость?
Основные компромиссы:
База данных - поддержка транзакций, гарантии целостности (через ограничения), расширенная поддержка запросов, , вероятно, будет масштабироваться лучше (в зависимости от реализации)
файловая система - дешевле, проще, меньше движущихся частей (по крайней мере, на начальном этапе)
Сначала вы можете посмотреть на существующие решения - MSMQ, брокер SQL Server, библиотеки с открытым исходным кодом, такие как очереди Rhino (http://ayende.com/Blog/archive/2008/08/01/Rhino-Queues.aspx)