Я только что столкнулся с этой же проблемой. Как ни странно, решение состоит в том, чтобы переместить любые операторы использования в скобки пространства имен.
Например, у меня было это (с оператором использования в верхней части, как вы обычно видите):
using System.Configuration;
namespace BuildDashboard.Data
{
partial class DashboardDBDataContext
{
...
}
}
И мне пришлось изменить его на следующее (с помощью оператора using внутри пространства имен):
namespace BuildDashboard.Data
{
using System.Configuration;
partial class DashboardDBDataContext
{
...
}
}
После внесения этого изменения мой дизайнерский файл больше не удалялся.