Хорошая идея , а не , использовать DataGridView в качестве хранилища данных. Это элемент управления для отображения материала.
Лучше привязать его к какому-нибудь бэк-хранилищу и выполнить операции с ним:
var table = new HashSet<string>();
table.Add("aa");
table.Add("bb");
table.Add("aa");
dataGridView1.AutoGenerateColumns = true;
dataGridView1.DataSource = table.ToList();
И когда приходит новая новая группа файлов, добавьте их в HashSet и просто заново привязайте Grid.