Если вы храните все данные в месте, находящемся под wwwroot, то вы рискуете загрузить файл, будь то из-за плохой конфигурации или из-за уязвимости безопасности. Также возможно, что это решение включает жесткое кодирование пользователей и паролей, что затрудняет ротацию паролей. И если пользователи могут изменять значения в файле, вы должны быть предельно осторожны, чтобы они не могли внедрить код PHP в файл паролей, иначе они смогут принять ваше приложение. А способность администратора видеть пароли в виде открытого текста считается плохой практикой, и ее следует избегать.
Современная лучшая практика - не делать это таким образом, если это вообще возможно. Храните данные в месте, откуда веб-сервер обычно не разрешает прямые загрузки (например, вне wwwroot или в базе данных, где вы защищены от проблем с внедрением SQL), реализуйте схему аутентификации и авторизации и полагайтесь на нее контролировать, кому разрешено делать.
Посетите www.owasp.org, чтобы узнать больше - это отличная отправная точка.