Хеш MD5 рассчитывается на основе содержимого файла и не зависит от метаданных документа. Это детерминированный процесс, который всегда будет давать один и тот же результат, если вы начнете с одного и того же контента (хотя существуют способы подделать подпись MD5 из-за коллизии).
Как вы создаете хеш MD5 для файла? Вы пытались использовать другой инструмент для воспроизведения проблемы?
Если есть другая подпись MD5, тогда ваши файлы будут отличаться.
Предыдущие предложения символов EOL или передачи двоичного файла в режиме ASCII очень вероятные причины, по которым файлы могут быть изменены. Использование diff tool может помочь определить, где / как файлы отличаются. Если ваш файл в двоичном формате, попробуйте использовать инструмент binary diff .