Это зависит. Вы хотите сделать это кросс-системы или для конкретного процесса?
Вы хотите предварительно отредактировать файл (и если да, то какой - DLL или исполняемый файл)? Или вы хотите сделать это перехват во время выполнения (динамическое внедрение кода)?
В проекте кода есть несколько хороших отправных точек:
http://www.codeproject.com/KB/system/hooksys.aspx
http://www.codeproject.com/KB/threads/winspy.aspx
Но это широкая тема, поэтому вам, возможно, придется задать более конкретные вопросы.
Этими приемами можно злоупотреблять (особенно с advapi32), поэтому я настоятельно призываю вас не делать этого.