Не зная больше о вашем приложении, трудно сказать.
Вы можете сохранить данные в виде XML в BLOB в базе данных.Это означало бы, что все ваши данные (как бы) обрабатывались таким же образом (как XML).
Другой подход заключается в изменении структуры базы данных для хранения вложенных данных (что, по-видимому, является вашей проблемой).Таким образом, вместо прямой таблицы значений ключей вы можете создать структуру таблицы, которая может ссылаться на себя (например, parent - key - value) и иметь таблицу заголовков для хранения ключей верхнего уровня.
Реальный вопрос, однако, заключается в том, чтопочему вы хотите использовать базу данных для хранения данных.Кажется, настоящая проблема заключается в попытке вставить круглый колышек в квадратное отверстие (или наоборот).