Я думаю, что все предыдущие ответы неверны. PHP управляет возобновлением, для этого необходимо активировать FTP_AUTODESK, и вы должны активировать FTP_AUTORESUME во время загрузки. Код должен быть примерно таким:
$ftp_connect = ftp_connect($host, $port);
ftp_set_option ($ftp_connect, FTP_AUTOSEEK, TRUE);
$stream = fopen($local_file, 'r');
$upload = ftp_fput($ftp_connect, $file_on_ftp, $stream, FTP_BINARY, FTP_AUTORESUME);
fclose($stream);