Ваше приложение может управляться через RMI . Приложение реализует интерфейс управления, регистрирует свой сервис на localhost, а приложение командной строки получает прокси-сервер rmi и вызывает нужные методы управления ...
Поначалу кажется сложным, но когда вы попробуете, вы быстро увидите, насколько это легко. И это также поддерживает шифрование через SSL . Таким образом, вы можете обезопасить обмен данными, если в сети были данные, относящиеся к безопасности.