Простой способ сделать это - сделать ваш «диалог» таким же большим, как сцена, с огромной прозрачной областью вокруг самого диалога.
Прозрачная область может прослушивать любые щелчки мыши, ипросто проглотите их (что предотвратит их дальнейшее возвращение в список отображения).
Чтобы показать предупреждение, просто прикрепите его поверх всего остального, когда пользователь закроет его, уберите егоеще раз.