Используйте команду wmctrl :
Для просмотра списка окон:
$ wmctrl -l
0x00c00003 -1 rgamble-desktop Bottom Expanded Edge Panel
0x00c00031 -1 rgamble-desktop Top Expanded Edge Panel
0x00e00022 -1 rgamble-desktop Desktop
0x0260007c 0 rgamble-desktop Google - Mozilla Firefox
Чтобы изменить размер окна в соответствии с его заголовком:
wmctrl -r Firefox -e 0,0,0,640,480
Аргументы опции изменения размера: gravity,X,Y,width,height
, поэтому окно будет размещено в верхнем левом углу экрана и будет изменено до 640X480.