Есть ли какая-то причина, по которой вам нужно использовать GnuWin32? Я настоятельно рекомендую 7-zip , даже больше, чем WinRAR. Это бесплатно, и я использую его для всего, даже для ISO. Едва ли что-нибудь, что не будет должным образом архивировано или распаковано. Я обычно использую формат .tar.gz с ним:)
Одна заметка, если вы используете x64, используйте версию x64. Известно, что некоторые люди испытывают затруднения при использовании x86 на x64 Windows.
Я предполагаю, что это ответ, поскольку я точно знаю, что он будет иметь дело с вашими проблемами с разрешениями, а вы не указали причину, по которой вам нужно было использовать другое приложение. Ура! :)