Я думаю, что если вы укажете какой-либо относительный путь (а не просто имя файла или абсолютный путь), PHP попытается включить его относительно $_SERVER['SCRIPT_FILENAME']
(основной скрипт, который был запущен), и, следовательно, вы получите противоречивые результаты.
Вы можете определить абсолютный путь где-нибудь в файле, который, как вы знаете, будет всегда включен, например:
<?php
//e.g. this could be file os/kernel.php
//define absolute path to libraries dir
define('LIBRARY_PATH', dirname(__FILE__) . '/libraries');
А затем в другом месте (в kernel.php и других) используйте его, когдаВы включаете другой файл:
<?php
include LIBRARY_PATH . '/lib1.php';