Проблема решена. Вот решение на случай, если кому-то еще интересно:
Поскольку LF и CRLF оба имеют общий символ LF, я установил разделитель строк как LF (0x0A). Это работает правильно для извлечения полных записей (с побочным эффектом наличия одного дополнительного символа CR в конце, когда CRLF является разделителем).
Можно избавиться от лишнего символа CR, используя пустое поле для поглощения символа CR или используя карту.
Обратите внимание, что, поскольку разделители LF и CRLF имеют разную длину (1 и 2 символа соответственно), мне пришлось внести еще пару изменений в схему, чтобы обеспечить правильную обработку обоих.
В моем сценарии каждая проанализированная запись строки содержит 8 позиционных полей, поэтому наличие дополнительного символа CR в конце приводило к ошибке из-за того, что Biztalk ожидает определенную длину для последнего поля, которое не учитывает дополнительный CR персонаж. Решение состоит в том, чтобы увеличить длину 8-го поля (которое в моем случае является полем заполнителя) на 1. Однако, чтобы по-прежнему иметь возможность обрабатывать разделители строк LF, убедитесь, что вы установили 'Разрешить досрочно Завершение ' признак ИСТИНА. Таким образом, ошибки не выдаются, если в последнем поле не хватает 1 символа от назначенной длины (если символ CR не был включен).