Я бы проголосовал за отделение здесь.
Я не думаю, что вы обязательно обнаружите, что в конечном итоге «проще обслуживать», чтобы собрать все в одну базу данных. Если каждое приложение использует одну и ту же таблицу и экземпляр базы данных, вы не можете отделить одно приложение от пула без дублирования всей базы данных. Что, если одно приложение становится вирусным и его нужно перенести в собственный кластер серверов?
Что касается объема работы, необходимой для копирования базы данных в новый экземпляр, вы будете разделять задачи приложений, упрощая их отладку по отдельности, более масштабируемые и гораздо более переносимые.