Мы используем Django с SQL Server 2005. Мы нашли ту же проблему, что и вы.
Какой драйвер ODBC вы используете? FreeTDS
Мы попытались найти хороший драйвер ODBC для Linux / Unix, который не использовал бы ошибку выше (и другие), когда в игру вступил бы юникод, - и с треском провалился. Ни один из протестированных нами драйверов - по крайней мере, три, я могу выкопать имена, если хотите, - не имел успеха в работе со строками Unicode через django-pyodbc.
То, что мы в конечном итоге сделали, как это ни печально, было решение запустить Django на сервере Windows (Apache + mod_wsgi) и использовать собственный драйвер Microsoft ODBC для SQL.
Когда мы это делаем, все работает отлично - в юникоде.