Поскольку @Trull предоставил вам ссылку на «как», я поделюсь с вами вопросом.
.Net 3.5 основывается только на базовых библиотеках .Net 2.0, поэтому вам не нужно настраивать его на 3.5. .Net 2.0 и .Net 1.1 / 1.0 используют одни и те же пространства имен и классы, поэтому вам нужно выбрать, какой набор библиотек вы хотите использовать в своем приложении. Поскольку ваше приложение использует библиотеки из .Net 2.0, вам необходимо настроить пул приложений для загрузки этих библиотек для вашего приложения, а не библиотек .Net 1.1. Вам также понадобится установить .Net 3.5 на веб-сервере, хотя вы только настраиваете приложение на использование (базовых) библиотек .Net 2.0.
Это в основном эквивалентно различным версиям PHP. Можно ожидать, что приложение, написанное с использованием PHP 5 (и использующее преимущества конструкций в PHP 5), будет работать с интерпретатором PHP4. Вам нужно обновить до новейшего переводчика (или, по крайней мере, выбрать более новый, если установлены оба), прежде чем ваше приложение заработает. То же самое и с .Net - вам нужно выбрать правильную версию, версию, на которую ваш код ожидает ссылаться, прежде чем она заработает.