Вы не можете - keys_only должен быть установлен при создании запроса, и это уже сделано для вас, когда вы получаете доступ к нечто_set.
Тем не менее, foo.bar_set это просто синтаксический сахар для:
q = Foo.all().filter('bar =', foo_instance)
Таким образом, вы можете сделать это и использовать оператор keys_only в методе all ().