Есть ли способ установить ssh-соединение из командной строки Windows на машину с Linux, не используя putty?
Идея состоит в том, чтобы иметь возможность использовать NAnt для выдачи команд linux на целевой машине Linux.
Да. Клиент Cygwin ssh работает из командной строки Windows.
Если вы хотите избежать какого-либо стороннего инструмента, кроме nant, то нет.