Нашли решение:
Mapper.Initialize( Conf =>
{
Conf.ForSourceType<MyGreatViewModel>().AllowNullDestinationValues = true;
} );
Спасибо, ребята:)
Позаботьтесь о типах полей назначения (помните, что вам нужны типы, допускающие значения Nullable. Например, 'Byte?')