Я нашел решение, Наим Сарфраз поставил меня на правильный путь - он не выиграет конкурс красоты, но он работает:
Как я могу выполнить PHP в контексте, в котором я нахожусь (ноIE6 игнорировал бы Javascript), я сделал пару замен в одинарных / двойных кавычках с помощью PHP.
$data = stripslashes(unserialize($data));
$data = addcslashes($data, "'");
$data = str_replace('"', "'", $data);
Это удалит все косые черты, добавит косые черты только для одинарных кавычек и, наконец, заменит двойные кавычки одиночными.
Теперь myString находится в состоянии, которое можно передать в функцию Javascript в onclick без конфликтов кавычек:
<a href="#" onClick="myFunction(<?php print $data; ?>);">
Спасибо за ваш вклад!