Если ваш проект указывает 4.0 в качестве цели, он даже не будет загружен на телефон 3.2 - нет проблем.
Когда вы публикуете приложение в магазине, вы указываете минимальный уровень ОС и приемлемые устройства (например, не ищите GPS на iPod Touch). Существует проверка совместимости, которая должна предотвращать загрузку приложения, если оно несовместимо. Процесс утверждения приложения (надеюсь) гарантирует, что то, что вы сказали, совместимо на самом деле.
Если вы каким-то образом используете API, которых нет на устройстве (поскольку вы ориентируетесь на версию до введения этого API или по любой другой причине), то да, вы получите сбой из-за неизвестного селектора.
Вы можете использовать
#if __IPHONE_OS_VERSION_MIN_REQUIRED >= 30200
чтобы проверить, на какую версию вы нацеливаетесь ... первая цифра (3) является основной ревизией, третья цифра (2) является второстепенной. Следовательно, показанная проверка предназначена для 3.2.