Я подозреваю, что у вас была миграция, которая создала таблицу и добавила некоторые данные, используя модель. Позже в проекте модель была переименована или удалена (как, может быть, таблица?). Поскольку модель больше не существует, миграции не удалось запустить, но никто не заметил, что к этому моменту они выполняли только несколько миграций за раз, а не из чистой базы данных.
Урок здесь ... если вы переименовываете модели или таблицы (или обновляете их валидации и поля), то проверьте, что миграции выполняются с нуля и в текущей рабочей версии.