Если у вас есть вменяемый Makefile.am с правильными зависимостями, при запуске ./configure и make следует перекомпилировать только те файлы, которые зависят от файла, к которому обращались.Так что make уже делает то, что вы просите.
Если ваши Make-файлы не являются нормальными (например, они работают, только если вы запускаете make clean), и вы компилируете исходники C или C ++, используя ccache может дать вам прирост скорости.При использовании ccache запускается только часть препроцессора, и ее выходные данные сравниваются с кэшем выходных данных компиляции.Если в файле или его файлах ничего не изменилось, он не будет перекомпилирован.При правильной установке он работает прозрачным способом.