Не будет большой разницы в том, что касается сценария сборки. Было бы проще скомпилировать проект, используя задачу MSBuild для файла решения или проекта. Когда ваш скрипт сборки компилируется с использованием задачи MSBuild, ему не нужно беспокоиться, если это проект vb или c #.
Детали компиляции для конкретного языка обрабатываются между задачей MSBuild и файлом проекта. Думайте об этом как о том, что ваш сценарий сборки выполняет сценарий вложенной сборки, за исключением того, что Visual Studio генерирует этот сценарий вспомогательной сборки (файл проекта). MSBuild и Nant (с Nant Contrib) могут запускать задачу MSBuild.
Если вы хотите, чтобы сервер сборки автоматически генерировал номер версии для вашего проекта, тогда есть небольшая разница. Файл AssemblyInfo будет отличаться для разных языков. Задача сборки, используемая для обновления файла AssemblyInfo, должна иметь возможность выбрать язык, с которым он работает, и обновит файл соответствующим образом.