У меня была эта проблема, потому что мой srcdir был установлен в папку пакета, которая содержала файлы java.
Лучше изменить это на исходную папку верхнего уровня, но тогда schemagen захотел создать схему для всех файлов .java в моем исходном пути (на самом деле только 20% были классами jaxb).
Мой последний муравейник выглядит так:
<property name="event.package" value="my/organisation/events"/>
<schemagen srcdir="${src.main.java.dir}"
destdir="META-INF/event-schema"
classpathref="build.classpath">
<include name="${event.package}/Event1.java"/>
<include name="${event.package}/Event2.java"/>
</schemagen>