Из документации PHPDocumentor для аннотации @package
Пакеты используются, чтобы помочь вам логически сгруппировать связанные элементы. Вы пишете классы для группировки связанных функций и данных вместе, а phpDocumentor представляет содержимое файлов (функций, определяет и включает) как «процедурные страницы». Пакет используется для группировки классов и процедурных страниц таким же образом, как каталог объединяет связанные файлы.
Например, все валидаторы в Zend Framework принадлежат пакету Zend_Validate, потому что концептуально они являются именно этим. Когда PHPDocumentor создает документацию, вы можете перейти к пакету Zend_Validate и увидеть в нем все конкретные классы валидатора.
PHPDepend, очевидно, хочет, чтобы вы использовали аннотацию для создания правильной документации (отсюда и возможность использовать --bad-documentation
). Проверьте страницу, которую я цитировал, чтобы увидеть, как использовать аннотации.