Убедитесь, что вы отключили Eclipse перед копированием рабочей области, и что целевой компьютер имеет ту же (или более высокую) версию Eclipse, включая те же плагины.
Убедитесь, что ваше рабочее пространство на самом деле содержит все проекты - при создании проекта его файлы могут находиться за пределами рабочего пространства.
Если в ваших проектах используются какие-либо внешние библиотеки, установленные в системе, установите их в другой системе в том же месте (или измените пути).
Тогда не должно быть проблем.