Я могу предложить вам сохранить данные для входа на FTP-сервер вашего приложения как зашифрованный файл в файловой системе (для каждого зарегистрированного пользователя). Чтобы сделать это, пользователь должен использовать глобальный пароль, чтобы разблокировать это хранилище (расшифровать файл). В приложениях Mozilla это называется «мастер-пароль».
Когда ваша программа запускается, пользователь должен ввести мастер-пароль (возможно, в виде пары логин и пароль пользователя). Затем, используя этот мастер-пароль (или некоторую производную информацию) в качестве ключа, сохраненный файл (с данными для входа на FTP) будет расшифрован. Этот способ безопасен, потому что вы используете шифрование с ключом, известным только пользователю приложения.
Кроме того, этот пароль следует использовать на этапе входа в приложение. Или любой может запустить ваше приложение и получить данные для входа на FTP. Что-то вроде ... Пользователь запускает ваше приложение. Вводит свой логин и пароль. Программа использует их в качестве ключа для расшифровки. Если расшифрованные данные не являются текстовым сообщением - пользователь правильно вошел в систему.