Относительно ScriptManager:
Я бы использовал главные страницы и включил диспетчер сценариев на вашей главной странице. В качестве альтернативы, если у вас есть что-то вроде Header.ascx, которое, как вы знаете, включено в каждую страницу, вы также можете поместить его туда.
Относительно файлов JavaScript:
Используйте метод ClientScriptManager.RegisterStartupScript, чтобы включить JavaScript на своей странице. Он не будет создавать дубликаты, если они имеют один и тот же параметр имени ключа.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/z9h4dk8y.aspx