Вы сможете добавить новый с помощью:
1. Перейдите в Окно> Настройки> Сервер> Среды выполнения
2. Нажмите на кнопку Добавить ...
3. Разверните каталог Apache, чтобы получить список всех серверов Apache
4. Выберите Apache Tomcat v6.0
5. Заполните детали установки
Если вы этого не видите, вам может потребоваться проверить, установлена ли у вас версия Eclipse для Java EE и установлена ли у вас последняя версия.