API-интерфейс Jena Ontology отлично подходит для получения отдельных классов, свойств, их данных и взаимосвязей.
Запросы SPARQL отлично подходят для запросов большого количества экземпляров и отфильтровывают только те фрагменты информации (включая значения их свойств), которые вам нужны.
Что касается других ваших вопросов, вам может помочь чтение небольшой документации! Ответы здесь: