Какой самый разумный способ безопасно запустить этот скрипт?
Если вы действительно заботитесь о безопасности, потребуйте, чтобы веб-клиент предоставил ключевую фразу, и используйте ключ ssh. Затем запустите сценарий под ssh-agent, а для чувствительных частей выполните ssh root@localhost command.... Вы, вероятно, захотите создать пары ключей ssh как раз для этой цели, поскольку ввод обычной парольной фразы SSH в веб-форму - это не то, чем я бы занимался (в любом случае, кто доверяет вашей веб-форме?).
Если вам не нужна такая большая безопасность, и если вы действительно, действительно считаете, что ваша веб-форма может правильно аутентифицировать своих пользователей, без каких-либо ошибок , вы можете вместо этого решить довериться веб-серверу запускать нужные вам команды. (Я бы не стал.) В этом случае я бы использовал файл /etc/sudoers, чтобы позволить веб-серверу запускать интересующие команды без предоставления пароля. Тогда ваш скрипт должен использовать sudo для запуска этих команд.