Единственный способ сделать это - использовать что-то вроде провайдера MySql to linq и разместить службу wcf на сервере Windows, который подключается к серверу MySQL Linux обычным способом в виде строки подключения.
Таким образом, вам потребуется сервер Windows, а также сервер Linux, на котором размещена база данных mysql, если только вы не хотите переместить экземпляр mysql в тот же ящик Windows.
Надеюсь, это поможет.
Редактировать
Пара потенциальных ссылок, которые могут помочь ... здесь и здесь
Посмотрите на Mono WCF Core стек, это может быть лучше для вас.