Ваш шаблон разбивает текст, используя последовательность запятых в качестве разделителя (его синтаксис также не идеален, так как вы используете класс символов без причины), поэтому две (или двести) запятые считаются как одна.
В любом случае, поскольку вы просто используете буквенный символ в качестве разделителя, используйте explode()
:
$str = 'hello,,goodbye';
print_r(explode(',', $str));
Выход:
Array
(
[0] => hello
[1] =>
[2] => goodbye
)