'IgnoringElementContentWhitespace' не предназначен для удаления всех текстовых узлов с чисто пробельными символами, только с пробельными узлами, чьи родители описаны в схеме как имеющие содержимое ELEMENT, то есть они содержат только другие элементы и никогда текст.
Если у вас нет используемой схемы (DTD или XSD), для содержимого элемента по умолчанию используется значение MIXED, поэтому этот параметр никогда не будет иметь никакого эффекта. (Если анализатор не предоставляет нестандартное расширение DOM для обработки всех неизвестных элементов как содержимого ELEMENT, чего, насколько мне известно, нет в наличии для Java.)
Вы можете взломать документ на пути в анализатор, чтобы включить информацию о схеме, например, добавив внутреннее подмножество в объявление <! DOCTYPE ... [...]>, содержащее <! ELEMENT ...> объявлений, затем используйте параметр IgnoringElementContentWhitespace.
Или, возможно, проще, вы можете просто удалить узлы пробелов, либо в пост-процессе, либо по мере их поступления с использованием LSParserFilter.